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政治蒙古国对华北的统治方式，是草原贵族原有的统治体系在它所征服的定居农耕地区的延续。汉地户口的一部分直接领属于大汗，一部分被大汗分封给诸王、宗戚和勋臣。蒙古统治者把主持军事、财赋征敛的部分官员和监临各级地区的达鲁花赤派到华北，同时又以款服入质、领军从征、缴纳差发为条件，允许自金末战乱以来出现在北方的大小军阀世侯，继续行使在各自势力范围内的实际统治权。世侯们集兵刑赋役之政于一己，不相统属。直到忽必烈建立元朝，这种局面才获得根本转变。他借鉴金代制度，在以“藩邸旧臣”为核心的中原知识分子参议下推行“汉法”，同时保留能充分保障蒙古贵族特权地位的种种制度，重新在华北确立了封建的中央集权制统治体系以及相应的各种典章制度。中统、至元间的创置，奠定了有元一代制度。元朝制度多沿袭金制，同时又有不少前代所不具备的特点。其中有的反映了中原王朝历代相承的传统体制本身的发展变化，如行省的设立；有的反映了被保留的蒙古旧制，如蒙古、探马赤军中的奥鲁（老小营）建置；也有一些是在这两者的交互作用下形成的，如刑罚体系中某些不同于前代的变化，对吐蕃地区实行的政教合一的统治等。
中央机构
中书省：上承天子，下总百司，领六部，为最高行政机关，行使宰相职权。中书省下有六部：吏、户、礼、兵、刑、工。
尚书省，主要负责财政事务，不过时置时废。
枢密院：中央最高军事管理机关。
御史台：最高监察机关。
宣政院：掌管佛教僧徒及西藏事务。
澎湖巡检司：管辖澎湖和琉球。
行中书省
元帝国地方最高行政机构，并为一级政区名称。简称行省，或只称省。元置中书省总理全国政务，也称都省；因大元幅员辽阔，除腹里地区直隶于中书省、西藏地区由宣政院管辖外，又于诸路重要都会设立十个行中书省，以分管各地区。在世祖、武宗朝三次短期设立尚书省主管政务期间，行中书省也相应改称行尚书省。元人称其制为：“都省握天下之机，十省分天下之治。”
除河北、山东、山西由中书省吐蕃地区由宣政院管辖。元帝国在地方设置行中书省。元代“行中书省”的性质，有一个转变的过程。早期是作为中央政府的派出机构，带中书省的职衔，在外行使“省”的职能。灭南宋之后，行省逐渐转变成了一级地方行政组织，其首长也不再带中书省的官衔。
行省下有道、路、府、州、县、基层行政设施。
行政建置
蒙古人建立的元帝国在消灭南宋前，忽必烈为了方便管治中土，就已在中土开始行汉法，将中国的大都作为首都，建立了一套以传统中央集权作蓝本的政治体制，例如设立了中书省和司农司等一系列专司机构，使用汉人的统治机构来统治人民，并在朝中任用了大批儒臣，包括刘秉忠、姚枢、许衡等。首都大都就是在刘秉忠等人的规划下建成的。此外，大元还建立了儒户这个户籍来保护和优待读书人。后来，又恢复了科举制度（不过名额很有限），尊崇孔子。理学是元代科举的标准。从整个政权来说，元代并没有统一的“官方思想”，一般来说，蒙古统治者更多地信奉草原的萨满教与佛教（特别是藏传佛教）。
元世祖中统元年（1260），遵用汉法，立中书省总领全国政务，始置丞相及平章政事、左丞、右丞、参知政事等宰执官。其后，相继于各大地区建立行中书省。初期，仍沿用前代制度，以中书省宰执官出领各行省，称行某处中书省事。以后此类行省实际上已成为常设的地方行政机构，与前代所置临时性的分遣机构不同，行省官若仍以中书省宰相行省事系衔，就与中书省的权限没有区别，嫌于外重，遂更定官制，只称某处行省某官，不再带中书省宰相职衔。至元二十三年（1286），铨定省、台、院、部官，罢各行省所设丞相，只置平章政事为最高长官，以与都省相区别。后来，部分地大事繁的行省许设丞相。延祐七年（1320），复罢各行省丞相，已置者皆降为平章政事。叶顺铁木耳（1324～1328）以后，某些行省又设丞相，视需要及任职者的地位而定。各行省一般置平章政事两员（从一品），右丞、左丞各一员（正二品），参知政事两员（从二品），其品秩与都省官同；左司、右司合为一，置郎中、员外郎、都事，品秩皆低于都省。元末，有些行省还增置“添设”平章、右丞、左丞、参政等官。行省掌管辖境内的钱粮、兵甲、屯种、漕运及其他军国重事，统领路、府、州、县；距离省治远的地方，另设宣慰司统之，作为行省的派出机构。
然而，其“汉法”施行得并不彻底。由于元帝国的覆盖面积较广，除中原地区外还包括许多其它地方，不少中亚汗国君主以及蒙古王室成员都不满忽必烈行汉法的举动，忽必烈晚年也渐与儒臣疏远，因此汉法并未成为一套完整的体系。
